Negara ini mempertahankan dua sistem kehakiman selari di negara ini (lihat: Mahkamah Malaysia). Salah satunya adalah sistem kehakiman sekular berdasarkan undang-undang dikukuhkan oleh Parlimen. Yang lainnya adalah syariah (syariah, undang-undang Islam). Mahkamah Syariah memiliki bidang kuasa mutlak atas orang-orang yang menyatakan diri menjadi muslim. Bagaimanapun orang bukan Muslim masih boleh memberikan keterangan kepada mahkamah syariah dalam mencari keadilan. Dalam kes Nyonya Tahir, keluarga si mati hadir ke mahkamah memberi keterangan dan bukti yang menunjukkan Nyonya Tahir tidak mengamalkan Islam dan mahkamah syariah mengistiharkan Nyonya Tahir sebagai bukan Islam ketika meninggal dunia.[3], [4]

Di mana keputusan mahkamah syariah membabitkan bukan-Muslim, ia dapat menempuh jalur di mahkamah sekular yang, dalam teori, menolak mahkamah syariah sebagai mahkamah Syariah terbatas dalam bidang kuasa mereka dengan Pasal 121 dari perlembagaan Persekutuan. Pada tahun 2006 seorang hakim memutuskan bahawa Perkara 121 terhad mahkamah persekutuan dari hukumnya hal-hal yang diperintah oleh mahkamah Syariah ketika menyentuh masalah-masalah Islam. Hal ini dipandang sebagai salah tafsir rencana oleh beberapa, dan kes ini dalam proses banding di mahkamah rayuan.

Peraturan syariah ditetapkan oleh sultan pelbagai negara. Secara sejarah seorang sultan mempunyai kuasa mutlak atas negara. Sebelum kemerdekaan, Tunku Abdul Rahman berjaya meyakinkan para sultan untuk membahagi kuasa negara-negara ke persekutuan kerajaan. Salah satu syarat perjanjian ini adalah bahawa sultan masih kuasa tertinggi undang-undang Islam di negara-negara masing-masing. Tetapan yang sama lama dipegang bahkan selama pemerintahan kolonial Inggeris.

Perlembagaan, salah satu daripada empat ujian untuk menjadi Melayu di Malaysia adalah bahawa seseorang itu harus menjadi seorang Muslim. Oleh kerana itu, semua Melayu dianggap patuh di bawah undang-undang Islam. Alasan untuk ini adalah bahawa Islam dianggap intrinsik untuk identiti etnik Melayu yang secara kultural dan bersejarah di bawah pemerintahan Sultan yang adalah seorang Muslim.

Pada tarikh 29 September 2001, Perdana Menteri ketika itu, Tun Dr Mahathir bin Mohamad menyatakan bahawa negara itu adalah negara Islam. Pemimpin pembangkang pada masa itu, Lim Kit Siang, sekarang aktif mencari sokongan untuk menyatakan bergerak Mahathir sebagai inkonstitusional dengan berkali-kali menjelaskan bahawa Malaysia adalah sebuah negara sekular dengan Islam sebagai agama rasmi sebagai diabadikan dalam Perlembagaan . Namun, kerajaan campuran yang dipimpin oleh Mahathir pada saat itu digelar lebih dari dua pertiga kerusi di parlimen. Sebuah suara majoriti dua pertiga di Parlimen diperlukan untuk pindaan perlembagaan di Malaysia.